Seturi on vuonna 2010 toteutettu projekti, jossa arvioitiin keskeisimpien ympäristöaltisteiden terveysvaikutuksia Suomessa.
Kysymys
Mitkä ovat keskeiset ympäristöterveyden altisteet ja niiden terveysvaikutukset Suomessa?
Vastaus
Perustelut
Alkuperäinen Seturi-laskenta löytyy Excel-tiedostosta (salasanalla suojattu).
Oletusajon avain: Q46E0t9BLPUhIT1K
Tuloksia: [1]
+ Näytä koodi- Piilota koodi
library(OpasnetUtils)
library(xtable)
riippuvuudet <- data.frame(
Name = c("väestö", "tautiriski", "annosvaste", "kokonaisaltistus", "tausta.altistus", "altistuneiden.osuus"),
Key = c("WXBiSFzQCeWkMQYU", "vwCPjIQuGgGN4yie", "pmcGvfp0hPRlCvPo", "g287fBo2pIwwbUt0", "g287fBo2pIwwbUt0", "g287fBo2pIwwbUt0")
)
# Vastefunktio (Seturi/funktio) ei toimi halutulla tavalla, joten se poistetaan riippuvuuksista.
funktio <- function(dependencies, ...){
ComputeDependencies(dependencies, ...)
clean <- function(x, rescol = paste(x@name, "Result", sep = "")) {
x@output <- x@output[!(is.na(x@output[ , rescol]) | x@output[ , rescol] == "") , ]
x@output[ , rescol] <- as.numeric(x@output[ , rescol])
x@output <- x@output[!is.na(x@output[, rescol]), ]
return(x)
}
väestö <- clean(väestö)
annosvaste <- clean(annosvaste)
tautiriski <- clean(tautiriski)
kokonaisaltistus <- clean(kokonaisaltistus)
tausta.altistus <- clean(tausta.altistus)
altistuneiden.osuus <- clean(altistuneiden.osuus)
annosvaste@output <- annosvaste@output[annosvaste@output$Tyyppi == "RR", ]
cat("Variable disease risk.\n")
print(xtable(tautiriski@output),type = "html")
cat("Variable Exposure-response function.\n")
print(xtable(annosvaste@output),type = "html")
#cat("Variable total exposure.\n")
#print(xtable(kokonaisaltistus@output),type = "html")
#cat("Variable background exposure.\n")
#print(xtable(tausta.altistus@output),type = "html")
#cat("Variable fraction of exposed population.\n")
#print(xtable(altistuneiden.osuus@output),type = "html")
# Laskenta menee läpi, mutta yhdelläkään rivillä ei ole tulosta, jossa kaikki inputit olisivat tallessa. Onko niin, että indeksien lokaatiot eivät täsmää? Tai ehkä ovariablen Ops tekee jotain kummaa?
# Datassa tautiriski on lukumääriä eikä insidenssejä, siksi väestötietoa ei edes tarvita, mutta se pidetään kuitenkin yhtälössä.
out <- tautiriski * (annosvaste - 1)# * altistuneiden.osuus * (kokonaisaltistus - tausta.altistus) # * väestö
out@output <- out@output[!is.na(out@output$Result) , ]
return(out)
}
seturi <- new("ovariable",
name = "seturi",
dependencies = riippuvuudet,
formula = funktio
)
seturi <- EvalOutput(seturi, N = 2)
cat("Variable Seturi burden of disease.\n")
#seturi@output <- seturi@output[!(
# is.na(seturi@output$väestöSource) |
# is.na(seturi@output$tautiriskiSource)
# is.na(seturi@output$altistuneiden.osuusSource) |
# is.na(seturi@output$annosvasteSource)
#) , ]
#seturi@output
print(xtable(seturi@output),type = "html")
#objects.put(seturi)
#cat("Muuttuja alustettu. Kopioi sivun osoitteen avain talteen käyttöä varten.\n")
| |
Katso myös
Viitteet
Aiheeseen liittyviä tiedostoja
<mfanonymousfilelist></mfanonymousfilelist>
